总编辑圈点
科技日报记者 张梦然。总编 根据最新一期《自然生物技术》杂志上发表的辑圈新研究,美国研究人员开发了一种人工智能模型,总编可以预测RNA靶向CRISPR工具的辑圈脱靶活动。该模型可以准确地设计导向RNA,总编并调整基因表达,辑圈用于基于CRISPR的总编新疗法的开发。 图片来源:神经科学新闻网站。辑圈 纽约大学、总编哥伦比亚大学工程学院和纽约基因组中心的辑圈研究人员将深度学习模型与CRISPR筛选相结合,以不同的总编方式控制人类基因的表达,类似于完全关闭灯开关,辑圈或通过调光旋钮降低灯亮度。总编 Cas9酶通常用于CRISPR基因编辑技术靶向DNA。辑圈近年来,总编科学家们发明了另一种类型的CRISPR,它使用Cas13酶靶向RNA。研究人员创建了一个使用Cas13进行RNA靶向CRISPR筛选的平台,以更好地了解RNA调节和识别非编码RNA的功能。 本研究的一个关键目标是最大限度地提高RNA靶向CRISPR对预期目标RNA的活性,最大限度地减少其他可能对细胞产生有害副作用的RNA的活性。 在人类细胞中,研究团队进行了一系列RNA靶向CRISPR筛选。为人类细胞中必需基因测量了20万种向导RNA的活性,包括“完美匹配”向导RNA和脱靶错配、插入和缺失。 研究人员根据CRISPR筛选的数据,设计了一个深度学习模型TIGER(通过向导RNA设计靶向抑制基因表达)。TIGER将深度学习模型生成的预测与实验室中的人体细胞测试进行比较,可以预测靶向和靶向活动,这也是人类预测靶向活动的第一个工具。 RNA靶向CRISPR应用广泛,包括RNA编辑、降低RNA阻断特定基因的表达、确定候选药物的高通量筛选。科学家设计了TIGER脱靶预测,以便更好地掌握RNA的调控和功能,通过部分抑制基因表达,实现基因剂量的精确调节。临床上,这可能对许多基因复制过多的疾病有用,如唐氏综合征、某些形式的精神分裂症,甚至可能由异常基因表达引起的癌症。
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